みろく山の会は、特定非営利活動法人（ＮＰＯ法人）であり、理事会の下に下記の組織を置き、会の運営をおこなっています。
山行統括部
山行企画部
会企画山行の立案・実施、リーダー企画
山行の調整、登山情報の収集と周知
山行運営部
山行規約・ランク制度などの運営、月例塔ノ岳山行の運営
山行安全部
山行安全施策の立案・啓蒙・実施、会山行事故の原因究明と対策
山行業務部
山行業務に対する一般業務
＊当会では百数十人のリーダー資格者がいて、毎月５０以上の山行を企画、実施しています。
事 務 局
教育部
会員教育の企画と実施
登山用具・技術・情報の収集と研究
自然保護部
自然保護活動の企画・実施･啓蒙（清掃登山・登山道整備）
自然保護活動に関わる外部団体との渉外
情報誌部
毎月発行し、全会員に配布している、
情報誌「みろく」の企画･編集･発行
ホームページ部
ホームページの企画運営
事務部
会の運営に関わる事務処理全般
組織部
広報、入会、みろく登山スクールに関する事項
組織強化に関する調査・企画・提案
共済委員会
共済制度の維持と運営
リーダ会議
リーダー活動に関する協議・情報交換
遭難対策本部
会員の遭難事故発生時に臨時に設置するもの
専門委員会
特定の問題解決を専門に行う諮問機関